A autonomia do distrito de Aparecida à cidade de Guaratinguetá aconteceu no final da década de 1920. Em 1925, o deputado Rangel de Camargo, com o argumento de que a população de Aparecida já ultrapassava dez mil habitantes (número mínimo exigido para emancipação), submeteu o Projeto 34 ao Legislativo, ainda sem parecer favorável.

Com o apoio do presidente do Estado, Júlio Prestes, o projeto foi reapresentado e aprovado. Em 17 de dezembro de 1928, a Lei 2.312 criou o município de Aparecida.

A data escolhida para essa cerimônia foi o dia 8 de setembro de 1929, marco do Jubileu de 25 anos de Coroação da Imagem de Aparecida. A solenidade foi acompanhada do II Congresso Mariano (5 a 7 de setembro), convocado para exaltar os “conhecimentos de Maria Santíssima” e tornar Nossa Senhora Aparecida a Padroeira Principal do País.

A declaração aconteceu em julho de 1930, pelo papa Pio XI. No final de 1930, Dom Sebastião Leme tomou a iniciativa de realizar uma festa para a proclamação de Nossa Senhora Aparecida como padroeira do Brasil.

A grande manifestação popular foi organizada para acontecer no Rio de Janeiro, no dia 31 de maio de 1931. Em um trem especial e enfeitado, a Imagem foi conduzida para o Rio de Janeiro, saindo de Aparecida.

Era a primeira vez, desde 1889, que a Imagem saía de seu Santuário. Mais de um milhão de fiéis aguardavam no Rio para participar das celebrações.

“Senhora Aparecida, o Brasil é vosso!
Rainha do Brasil, abençoai a nossa gente.
Paz ao nosso povo! Salvação para a nossa Pátria! 
Senhora Aparecida, o Brasil voz ama, O Brasil em vós confia! 
Senhora Aparecida, o Brasil vos aclama Salve Rainha!”

Oração de Consagração à Nossa Senhora Aparecida, rezada durante a festa de proclamação como Padroeira, feita por Dom Sebastião Leme:

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Até 1946, a Imagem permaneceu no estado em que foi encontrada: com o pescoço quebrado e sem as partes laterais do cabelo, que pendiam até os ombros. Nesse estado, a Imagem sempre ficou exposta no nicho do Santuário para veneração dos fiéis.

No ano de 1946, o reitor do Santuário, Pe. Antônio Pinto de Andrade, pediu ao Pe. Alfredo Morgado que tentasse consertá-la. No dia 29 de maio daquele ano, ele retirou a imagem do nicho e a levou para o convento, onde passou o dia no trabalho de restauro da Imagem. Além de colar a cabeça ao tronco, acrescentou as partes laterais do cabelo. Usou para isso uma massa preparada com raspas de peroba e cola.

Esse trabalho não teve duração, pois a massa se deteriorou pelo calor das lâmpadas do nicho. Padre Antão Jorge, então reitor do Santuário, pediu, em 1950, a outro confrade, Pe. Humberto Pieroni, que estudasse outra possibilidade de restaurar a Imagem. Foi utilizada então massa de cimento, reforçando com um pino de alumínio a junção da cabeça ao tronco, repondo também o cabelo. Esse trabalho foi duradouro e resistiu até o atentado de 1978.

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A solenidade de lançamento da pedra fundamental do novo Santuário teve a participação do clero e de autoridades civis, em 10 de setembro de 1946. Porém, na madrugada ela foi roubada. Em agosto de 1954, com a plataforma da construção e a canalização do córrego da Ponte Alta, que passava aos pés do Morro das Pitas, foi renovado o ato da Bênção da pedra fundamental. O Cardeal Dom Giovani Piazza celebrou missa às 10h30 e, após a missa, o Pe. Antão Jorge, vigário da Basílica, presidiu a bênção e o lançamento da nova pedra fundamental.

O projeto da nova Basílica foi encomendado pelo Cardeal Dom Carlos Carmelo de Vasconcelos Motta, em setembro de 1947, ao arquiteto Benedito Calixto de Jesus. A estrutura e os cálculos do concreto armado eram do engenheiro civil Paulo Franco Rocha.

O início efetivo da construção ocorreu em 11 de novembro de 1955. A primeira missa no local aconteceu no dia 11 de setembro de 1946, presidida pelo Cardeal Motta. O primeiro atendimento aos romeiros foi em 21 de junho de 1959.

Na reunião inaugural da Comissão Permanente da CNBB, em 1952, o Cardeal Motta dirigiu ao clero e ao povo uma convocação para o Primeiro Congresso Mariano da Padroeira do Brasil para o ano de 1954, coincidindo com o Congresso Mariano Nacional, edição do Jubileu de Ouro da Coroação (comemorados a cada 25 anos, desde 1904) e das festividades do quarto centenário de fundação da cidade de São Paulo.

A imagem de Nossa Senhora Aparecida participou do Congresso da Padroeira do Brasil, desde a abertura (4) até o dia sete de setembro, quando, numa grande solenidade, deixou São Paulo para encerrar os festejos em Aparecida.